Figlio di Faustino e Maria Rosa, nacque a Caldelas, un villaggio della parrocchia di Caranguejeira (Leiria), nella Festa di Tutti i Santi, il 1° novembre 1923.
Di famiglia povera, ben presto deve lasciare i banchi di scuola per mettersi a lavorare come falegname. In quegli anni Manuel, suo fratello, entra in seminario dai francescani e Francisco lavora anche per pagargli la retta.
È membro dell'azione cattolica ed è tra i fondatori della sezione giovanile del movimento al suo paese. L'azione Cattolica è la sua scuola di formazione umana e spirituale e qui nasce alla vocazione missionaria.
Il 12 agosto 1944 conosce p. Giovanni De Marchi che aveva appena fondato il Piccolo Seminario della Consolata a Fatima ed entra a farne parte immediatamente, col n° 3 di matricola. Compie il noviziato alla Certosa di Pesio ed emette la professione religiosa il 31.12.1950. Frequenta gli studi teologici a Torino.
Nel 1955 viene ordinato sacerdote e inizia a lavorare come professore e assistente nella casa di Biadene in Italia. Nel 1960 viene destinato al Mozambico dove, per cinque anni, svolge la funzione di vice parroco nella missione di Matola Rio.
Ritornato in Portogallo, è parroco a Lisboa dal 1965 a 1968 e successivamente assolve alla funzione di superiore/economo nelle case di Vila Nova de Poiares (1968-74) e Fátima (1974-78). Dal 1978 al 1979 partecipa a un corso di formazione a Parigi.
Di nuovo in Portogallo, si impegna decisamente nelle attività di formazione, animazione e promozione vocazionale. Percorre numerosissime parrocchie del nord e del centro del Paese animando i fedeli all'impegno missionario.
Utilizza bene le sue capacità oratorie predicando in centinaia di feste patronali, guidando ritiri, corsi di "cristandade", del Mondo Migliore, agli sposati e corsi biblici.
La Bibbia era il suo libro preferito, il manuale di ogni momento. Aveva sempre pronta, sulla punta della lingua, la citazione appropriata, in qualsiasi discussione fosse impegnato. La sua predicazione era radicale: poche infiorettature e molta dottrina: la Bibbia e il Concilio.
Bisogna aggiungere che aveva grande propensione per le cose materiali della comunità dove viveva. In varie opportunità fu amministratore ed è stato al fronte di molte costruzioni. In fatto di falegnameria, ebanisteria e nella riparazione di certe macchine era un vero perito. Soleva dire: "La mia intelligenza è nella punta delle dita".
Nel 1996, a 73 anni, riparte per il Mozambico, dove svolge le funzioni di superiore della casa di Beira e poi si rende utile a Lichinga.
Ritornato in Portogallo per le vacanze e problemi di salute, trascorre gli ultimi mesi della sua vita a Fatima. Qui offre la sua collaborazione generosa nel servizio delle confessioni al Santuario. Così facendo si sente felice. Ama teneramente la Madonna e, alla sera, è proverbiale vederlo passare, con la sua corona in mano, mentre va a recitare il rosario nella cappella delle apparizioni.
Il 22 agosto 2000, p. Francisco viene ricoverato nell'ospedale universitario di Coimbra dove è operato di tumore al pancreas. Il male, tuttavia, continua a svilupparsi e solo un miracolo lo potrebbe salvare. Il fratello francescano, p. Manuel, residente a Coimbra, lo accompagna durante tutto il periodo della convalescenza e informa ogni giorno la nostra comunità sul decorso della malattia.
Il 12 ottobre viene dimesso dall'ospedale e fa ritorno in comunità. Il suo volto è segnato da una grande gioia e ricomincia a vivere, nei limiti che la malattia gli permette. Si unisce alla comunità per la preghiera, l'eucaristia e il pranzo. Ma le forze vanno scemando e un certo giorno non può più alzarsi dal letto. Viene assistito con premura da tutti i confratelli della comunità.
Il 3 gennaio 2001, in seguito a un forte attacco di diabete, viene ricoverato nuovamente all'ospedale di Torres Novas e, nonostante le cure a cui è sottoposto, non può superare la crisi. Il 10 gennaio, alle 22, rende la sua anima a Dio. Se ne va serenamente, spegnendosi poco a poco come la fiamma di una candela.
Il funerale si svolge il 12 gennaio nella cappella del nostro seminario di Fátima. Presiede il rito Dom Serafim Ferreira e Silva, vescovo di Leiria-Fátima. Concelebrano 60 sacerdoti diocesani e religiosi, soprattutto Missionari della Consolata e Francescani. Nei banchi, assieme ai famigliari, sono presenti anche le Missionarie della Consolata e suore di molte altre comunità religiose.
Durante il rito funebre, padre Luís Ribeiro Tomás, superiore regionale, traccia un breve profilo del confratello defunto. P. Francisco ora riposa nella nostra cappella del cimitero di Fatima.
P. Jaime Marques
e Redazione del Da Casa Madre
 
TESTIMONIANZE
 
ERA UN BUON RELIGIOSO
Ho conosciuto Padre Francisco Marques da quando i Missionari della Consolata aprirono il seminario di Fatima. Lui era più grande di noi, e quando ci faceva delle osservazioni, nello studio o sui lavori, nella cappella o durante le ricreazioni, le accettavamo come se fossero date dall´assistente. Era un uomo di carattere forte, pronto ad affrontare qualsiasi difficoltà, senza paura. Sapeva dare valore al tempo, e quando le conversazioni non erano utili o necessarie, le interrompeva, dedicandosi ad altre occupazioni. Nelle vacanze, mi invitava a passar alcuni giorni con lui. Facevamo 3 km a piedi per andare in chiesa per la messa ed al ritorno, dopo la colazione, si andava ai campi a lavorare e a irrigare il granoturco, fagioli, patate ecc...
Prima di entrare in seminario faceva il falegname e i suoi manufatti erano molto apprezzati. Poi ha lasciato tracce della sua arte sia nelle case del Portogallo che nelle missioni.
Come religioso, senza tralasciare le occupazioni materiali, si preoccupava di approfondire la sua vita spirituale, sacrificando anche ore di riposo per attendere ai doveri di un buon religioso. Aveva una devozione particolare per la santissima Vergine.
Seppe vivere la sua vita consacrata intensamente, con gioia, coraggio e perseveranza superando le difficoltà e aiutando le persone bisognose, durante tutta la sua vita. Era sensibile al dolore degli altri e capiva le persone in preda alle dure prove della vita.
Fr. Albino Henriques
 
 
P. Francisco Marques: come mi piace ricordarlo
I miei incontri con p. Francisco furono molti, ma sempre occasionali; avvenivano normalmente quando trascorrevo le mie vacanze e visitavo la sua comunità. Mi riceveva con molta cordialità, senza tante formalità e subito cominciava a dialogare su temi di teologia, pastorale e cultura generale. In questo modo ho potuto conoscere questo missionario che fin dall'inizio mi colpì influenzandomi e facendo crescere in me una bella impressione sul suo conto.
 
Uomo con ambizioni culturali
 Padre Francisco Marques viveva in continua formazione permanente, desideroso ed assetato di sapere e di aggiornamento. Da quando era seminarista gli era rimasto l'interesse per certi temi che continuavano a orientare e influenzare le sue letture. Amava seguire da vicino la vita della Chiesa del Portogallo e del mondo ed erano questi i criteri che dettavano la sua scelta dei programmi della televisione. Era il primo a leggere le riviste, che arrivavano in comunità, con le novità su temi di religione e teologia, cercando specialmente quello che lo poteva interessare, per poi fare commenti e conversazioni con i confratelli. Con frequenza si lamentava che la biblioteca della casa era fuori mano, poco attrezzata e non attualizzata.
 
Uomo di forti convinzioni
Era un uomo di forti e ben radicate convinzioni che difendeva con tenacia in discussioni accese. Non era però uno di quei conservatori che si trincerano nelle loro posizioni senza cedere di un solo millimetro. Diciamo che si arrendeva soltanto quando si sentiva intellettualmente e razionalmente convinto. La sua preoccupazione era quella di perseguire ed arrivare alla verità; a questo scopo, leggeva e studiava.
Non gli piacevano le chiacchiere o conversazioni frivole, le cronache mondane o le discussioni sullo sport: tutte cose che lui riteneva una perdita di tempo.
 
L'uomo con messaggio
Amava il ministero sacerdotale vivendolo in senso pieno, sempre disposto a offrirsi per le attività più faticose, non accettate dagli altri. Conduceva novene, missioni al popolo e prediche che i confratelli con piacere gli cedevano. In questo lavoro apostolico si sforzava di dare una “dottrina solida”, partendo dalla Bibbia e dal Concilio, spiegando la verità e combattendo errori. Si rattristava di fronte all’ignoranza della gente in questioni di fede, e così palese in certi usi e costumi, e cercava di correggerla. A causa di questo suo zelo in alcune occasioni ha avuto delle difficoltà con certi gruppi cristiani: voleva vedere le cose cambiare. La sua disponibilità nella pastorale impressionò i parroci i quali lo richiedevano continuamente per servizi religiosi. Ed il giorno del suo funerale numerosi parroci e fedeli dimostrarono con la loro presenza quanto apprezzassero e fossero riconoscenti per la sua collaborazione come sacerdote. 
Uomo della missione
I primi anni del suo ministero li trascorse in Mozambico. Ma la maggior parte della sua attività si è svolta in Portogallo nel campo dell'animazione missionaria e vocazionale. Fu assiduo e costante in questo lavoro, cui ha lasciato un’impronta tutta sua, sapendo essere un innovatore di metodi e programmi.Si impegnava a cercare vocazioni per i nostri seminari e si interessava che fosse data ai candidati una solida formazione.
Amava così tanto le missioni che all’età di 70 anni si offrì di ritornare in Mozambico. Qui si dedicò completamente al lavoro apostolico che logorò le sue forze sino all’ultimo respiro. Quando ritornò in patria, era esausto. 
Uomo di povertà
In tutte le case dove ha lavorato si preoccupò dell'economia della casa e di come risparmiare. Lo faceva anche senza essere lui l'economo.
Protestava quando notava esagerazioni, sperpero o lusso. Soffriva quando vedeva negligenza nell’uso dei beni della comunità e trascuratezza nella manutenzione degli oggetti della casa.Come falegname, professione che non ha mai smesso di praticare, aveva imparato a cercare la perfezione nei lavori ben rifiniti. Quando gli si comperava qualche suppellettile per la casa voleva che si prendesse in considerazione non soltanto l’aspetto ma anche il prezzo e la funzionalità. Era sempre attento a come risparmiare per vivere la povertà. 
Padre Francisco a volte si mostrava inquieto e insoddisfatto; in realtà, egli era sempre alla ricerca di qualcosa che non aveva ancora raggiunto: cercava ciò che era più perfetto. Lo ricordo con ammirazione e gratitudine come uomo di Dio, un grande missionario.
P. Luís Tomás
 
 
UOMO FORTE E PRUDENTE
Ho conosciuto p. Francisco Marques a Ermesinde, subito dopo la mia ordinazione sacerdotale, nel 1979. Ero formatore e p. Francisco fu nominato direttore della casa. Mi sono accorto sin dall’inizio che era un uomo di azione, organizzato, esigente e missionario dalla fibra autentica.Fra i membri della comunità alcuni erano impressionati dal suo carattere duro e dal suo modo di agire. Da parte mia, tuttavia, ho avuto modo di apprezzarlo come persona aperta al dialogo, consigliere prudente, disposto a condividere idee e piani d’azione. Due anni dopo, destinazioni diverse ci hanno separato: p. Francisco è partito per il Mozambico e il sottoscritto per il Brasile. Tuttavia ci siamo sempre mantenuti in contatto epistolare specialmente nelle feste ed anniversari.Quando lasciai il Brasile e venni incaricato della direzione della casa di Fatima, ritrovai p. Francisco che, nel frattempo era rientrato dal Mozambico; era malandato di salute e pieno di acciacchi che cercava di nascondere dedicandosi al lavoro pastorale. Rimaneva l’uomo forte di sempre, ma appariva chiaramente anche la malattia che lo consumava fisicamente.Gli rimasi vicino negli ultimi mesi della sua vita e mi impressionò la sua volontà di vivere e l'impegno di vincere il male che lo dominava progressivamente. Finì come è vissuto: soltanto negli ultimi giorni si affidò alle cure dei confratelli, senza lamentarsi, ma sempre con la volontà ferrea di vivere.
Ringrazio il Signore per gli esempi da lui ricevuti, soprattutto per ciò che ha dimostrato di essere nell’ultima e difficile fase della sua vita.La fede mi dà la certezza che la preghiera per la sua anima è stata accolta.
P. Mario Silva